（1）水利不便。隨著水井在各地農村的大力興建，傳統的水利設施反而沒有經常性的維護，造成了很多地區河流、水渠出現淤積。淤積的河流因為難以流動，很容易被當地污染物所侵害，變臭變黑。再加上一些人私自攔截河流將其作為養殖基地，更加重了斷流的污染。

（2）農業污染。現在農村耕作多依賴農藥除草、除蟲，依賴化肥增加土地養分，而農藥與化肥給土壤和周邊水域帶來的污染是多方面的，各類化學污染物質在雨水的沖刷下流入附近的河流，或滲透到地下污染地下水，都造成了水體污染。

（3）生活污染。無論是傳統的農村形態，還是最近幾年各地大力興建的新型農村社區，居民都開始融入現代化的生活方式，使用更多的塑料制品，化工性生活用品，更多的衣物洗滌等，但又缺乏有效的污水處理機制，多數都被排放到附近的水體中，造成水污染。

（4）鄉鎮企業污染。鄉鎮企業廣泛地存在于我國鄉鎮和農村，而很多企業因為作坊式的生產與經營，沒有規范的污水處理設施，對周邊的水體造成了污染，有的鄉鎮存在小化工廠，污染尤為突出。